日本大学院可以跳槽吗？
1.首先，从题主的语言成绩来看，如果目标是东大（包括其他帝大）的理工系，基本没戏了。申请东大的条件是日语N1、雅思6.5以上且各项小分不低于6.0。以你的情况，只有语言成绩达到要求才有资格参加入学考试的，而且笔试面试都有可能被刷下去（特别是理工科）。至于托福，虽然大部分学校的理工科都认托福家考，但东大不认... 也就是说你要想申请东大，现在就要开始学日语了（或者重新报考雅思）。
2.关于专业，因为商科不需要太多数理基础，所以对于理工科转过来的学生，接受度反而更好一些。但问题是你不打算告诉导师你是理工科转的吗？这个要事先想好如何解释。
3.关于出愿，既然你已经有目标学校了，这些问题应该问目标校的招生办。一般来说，学校会允许同学同时提交多个项目的出愿材料的，只不过有可能会有先后顺序（比如先录满了前面那个项目，才会看第二个...）所以不用担心。
4.关于研究生，如果你申请了东大，那我建议你可以考虑一下读研究生。一是可以在那边练习口语（很重要！）二是可以打探一下教授的研究方向和喜好，为进学做铺垫。但是要注意，研究生不是一定要你去的，能不能上、怎么上课都是教授决定的，有相当的不确定性。
综上，我的建议是先定下目标学校和专业，尽早学好日语（至少达到出愿要求）。至于东大，还是很有希望的～加油啦！