在国立大学（包括大学院，也就是研究生院的）有教授会、学部长、学部委员长和学部分科委员长这四个。 其中教授会是最高权力机构，所有重大事项都在这里决定，但实际运作中一般先听取教务长的意见。
学部长负责该学部的整体运营，直接对教授会负责。 学部委员长和学部分科委员长同属于学部管理的议事机构，分别负责整个学部和学科的研究及教学。有些大学的学部有两位委员长，分属教学和科研，这里就不详细说了。
各学会根据其研究内容的不同成立学术委员会，具体工作由常务秘书负责，协调各个研究室的科研任务。如果有重大课题需要讨论，可以聘请专家参加，这些专家被称为名誉会员。
至于企业界的学者（所谓的企业大学）则有自己的领导机构，负责决定该企业的大学整体的研究方向等宏观问题，不过这些大学一般都是由几个大学合作举办的课程体系，不是单纯的企业做“大”了办的。
植梅歆优质答主日本的学校规模不大，所以内部的组织机构也不大。主要有以下委员会来辅助校长进行管理活动。
1、全体教师会
全体教师会相当于我国的教工大会，是学校的最高咨询审议机构，由学校的全部专任教师组成，包括主任教师、教诲主事（相当于我们政教处的干事）、学年教师和科任教师等。其主要任务是，对学校的基本教育方针、学年的配置、课程的设置、教学设备用具的配置、教师的进修、教师的任用等重大问题提出建议，向校长进言献策，以发挥教师参与决策的作用。全体教师会一般每月召开一次。由校长召集，校长、主任教师均与会，但无表决权。
2、教育委员会
教育委员会相当于我国学校的教导处，是辅助校长处理学校教育事务的机构。教育委员会由主任教师1人、教诲主事1～2人和学年主任2人组成。主任教师由校长从本校在职的专任教师中提名，经全体教师会通过后就职。主要负责拟订学校的基本教育方针和计划，拟订学校的规程制，处理学生、教师和家长来信来访，审议教职员的调动等问题，并负责向校长提出相关建议。教诲主事协助主任教师进行学生指导，处理训导业务。
3、学年委员会
学年委员会是学年的议事审议机构，相当于我们年级组，对学年的管理和教育活动起着重要的作用。主任教师既是学校管理的最高负责人，又是学年的负责人。在学年委员会，由学年主任主持会议，全体组员参加会议，对学年工作进行协商研究，拟定学年的教育计划，安排各种活动，如运动会、家长会等，并对学年教师的调动及进修等进行审议。同时，学年委员会还接受学校教育委员会的委托，负责处理学年内的日常事务。
4、家长教师协会
日本各学校都有家长教师协会这种组织。除设有会长、副会长和干部成员外，每个班级都配有委员1人，与同级教师一起协调处理班级工作。家长教师协会在教育、学校事务方面、与社会的联系与协调方面以及学校管理方面都起着重要的作用。一般而言，家长教师协会要给每名学生缴纳年度金2500～3000日元，以支持班级和全校的各种活动。家长教师协会的活动经费来源于年度金的80%和政府对每校年补助20万日元的经费。
