日本医科大学的医学部，是培养医疗、药学专业人员的基地。作为培养医学部的基本课程，共有103个学分，包括45门科目，分为“基础医学部”和“临床科学部”。其中“基础医学部”36个学分，“临床科学部”67个学分。 此外还有补充学习（选修）科目20余个。 各大学医学院的课程设置有差异，但主要学科大致相同。
下面以东京医科牙科大学医学部的课程设置为例作介绍。 基础医学部包括：生理学、生物化学、分子生物学、病理学、药理学、内科学等6个小部。每个学部又分若干课程小组。
临床科学部包括：机能代谢病、免疫呼吸循环系统病、神经精神病、妇产科、儿科、骨科、肿瘤外科、心脏血管外科、腹腔镜外科、介入放射、放射线治疗等11个学科。 除上述两个主要的部门外，还有辅助教员(助教)进行教学研究的机构，如：研究所、临床研究中心、检查中心、动物实验室等；以及提供住院服务的病房、手术室等。
董悦溪优质答主在日本，内科是指研究人类疾病中发生于内脏的疾患的临床学问，及其内科学的总称。为了区别于西医科（即西医），有时也称为东西医科或东洋内科，主要是在东西方医学（汉方医学）的理论指导下，在临床上诊断治疗内脏疾病。在西方医学（即西医）的理论与技术传入日本前，没有所谓的西医药师，所有的医药师统称为汉医，或由其所治疗的疾病而称为外科医、目医等。
在现代，日本的医学中，凡是“科”所后缀的名称，意味着该科学科的医师都是在西方医学的理论与技术指导下，在临床上为患者服务的。例如，不属于中医科治疗范围的患者，就由西医科的神经科、小儿科、循环器科等相应专业治疗。
日本的中医师，以东西方医学和日本传统医学的理论与技术为指导，在诊断、治疗和预防方面不仅对患者治疗，也对一般民众加强身体保健等进行各种咨询和服务。由于现代研究手段的多样化，西医已经进入微观和基因水平的分析和探讨，并且形成不同的分支学科，对患者疾病的治疗是多学科的综合治疗方案。而中医仍然停留在宏观的理化水平，从整体出发分析和探讨人体的生理病理变化对健康的影响和治疗疾病的方案，属于一种综合性的治疗方案。因此，中医师可以在中医科内对所有患有内科（即西医的西内科）疾病的患者进行综合指导与治疗，包括某些西医诊断无法确诊（主要是症状性诊断）的疾病。
